土壤生态学是我校国家重点学科农业资源与环境和及江苏省重点学科生态学的重点发展方向。南京农业大学土壤生态实验室是我国高等农业院校中最早成立的土壤生态研究室之一，由已故著名土壤学家黄瑞采教授创建，该研究室一直致力于农田土壤生态系统结构和功能研究，在土壤动物的物质循环、作物养分吸收和生长、影响机制和综合管理等方面有较厚实的积累。至今，先后承担农业部重点项目、国家重点科技攻关项目、863重大专项、农业部公益性行业项目、国家科技支撑计划和国家重点研发计划等课题。